慈宁宫经验了明清两朝四百余年，最初了明朝皇贵妃的所居。1563年，即明嘉靖十五年，在仁寿宫原址上兴建慈宁宫。清朝顺治帝入关后，相沿了明制，1653年慈宁宫修葺后，迎来了它的第一位主人：孝庄文皇后。从此作为太后所居正宫和太妃的随栖身所。

　　孝庄太后，博尔济吉特氏，名布木布泰，皇太极之妃，孝端文皇后侄女，顺治帝生母，康熙帝祖母。生平培养、副手顺治、康熙两代君主。福临帝即位后，孝庄成为清代第一位太后。顺治帝驾崩后，她副手康熙帝，成为太皇太后，成为中国汗青上著名的皇太后和太皇太后，是清初精巧的女政治家。

　　孝庄太后在慈宁宫栖身了四十四年。顺治帝为祝母后生日，写下三十首诗献给孝庄太后。

　　康熙帝继位后，孝庄太皇太后在慈宁宫颐养天年，而康熙帝一如既往地服侍太皇太后。康熙二十六年，太皇太后病危，康熙帝昼夜不离地伺候在祖母身旁，隔帷席地而坐。听说，康熙帝还在慈宁宫进行了祭奠典礼，祈求上天让本身减寿，以换得祖母的痊愈。孝庄太皇太后归天后，康熙天子悲哀欲绝，于慈宁宫内停放太后的棺椁，并想将慈宁宫改为孝庄太后停灵的享殿，但因清宫无此规制而作罢。