1648年，这位生平忠于国是的爱国将领，带着未能匡扶社稷的遗憾，闭上了疲惫的眼睛，其孙马万年将祖母葬于龙山。而她所镇守的四川石柱地域，从此一向武断抵挡外来入侵，无论是张献忠的大西军，照旧入关的清军，多次袭击皆不能讨得自制。

直到全国一统后的清朝顺治十六年（公元1660年），在得悉南明永历政权已殒命后，其孙马万年才公布归顺了清王朝。秦良玉的稀奇生平，纵然是她的仇人清王朝也甚为钦佩。清军霸占石柱后，曾为秦良玉进行了隆重的祭祀典礼。清朝康熙，乾隆两朝，还曾由当局出资建筑祠堂。而在清朝人编修的《明史》中，她也是独逐一个被列入将相传的女子，不单是明王朝的独逐一个，更是中国汗青上的独逐一个。