孙峻见诸葛恪人心渐失，与吴主孙亮谋害后动员政变，请诸葛恪入宫赴酒宴，诸葛恪在宴席中被杀。孙峻灭诸葛恪三族。 建兴二年冬（253年），孙峻诛杀诸葛恪后，升为丞相上将军，都督海表里军事，授予符节，封富春侯。

五凤二年（255年），魏国产生淮南兵变，孙峻率军狙击寿春，正好碰着魏将文钦兵败来投，吴军就此撤回。同年，将军孙仪、张怡、林恂等想趁孙峻接见蜀汉使者时谋害诛杀孙峻，因工作败事，孙仪等自杀，受连累被杀者数十人，个中包罗朱公主孙鲁育。

平静元年（256年），孙峻派率军伐魏。途中孙峻惊惧发病而死，后事寄托给堂弟孙綝。孙綝被吴景帝孙休诛杀后，孙峻的宅兆被刨开，殉葬的印章绶带被充公，棺椁被削薄后从头埋葬。孙休又耻于与孙峻、孙綝同族，将二人族籍从族谱中削除，称之为“故峻、故綝”。